湖泊、河流等水体的污染防治是“三大攻坚战”的内容之一，也是与老百姓息息相关的社会热点问题。近年来，我国高度重视水污染防治，通过河湖长制的推行、污染源的治理以及截污、清淤、围网拆除等措施的实施，已初见成效。
目前，我国对湖泊、河流的治理目标执行的标准还是2002年颁布的《地表水环境质量标准(GB 3838-2002)》。依据该标准，水体健康与否主要是看化学需氧量(COD)、氨氮、总磷、总氮、部分重金属、溶解氧等物理、化学指标和大肠杆菌卫生指标。该标准对于水体评价来说易于监测和比较，却并不全面。因为水质只是自然水体评价的一个重要方面，但仅仅靠水质指标来评价湖泊、河流的生态环境状况，并没有反映水生生物因子，显然是不合理的。实际上，依据生物指标的评价有其优越性。
此外，依据该标准，一些地方对于受污染水体的治理往往停留于截污和围网拆除，拒绝进一步的生态修复措施；有的地方甚至简单地采取换水和固化岸坡等办法，为了快速实现水质达标而破坏生态。
健康的自然水体孕育着各类动物、植物、微生物，这些生物的生命活动驱动着水、底泥、大气之间的物质循环，形成自我净化能力。即使在季节演替中有个别指标短暂超过水质评级的数值范围，也将自然恢复。相反，一些靠高成本手段维持水质的水体，即使表面上达标，实际上却不具备健康的生态系统和良好的自我净化能力。
所以，无论从评价的科学性还是从约束导向作用来看，对水体的评价都需要有生态指标。水环境是否健康，还要看水是否适合生物的生命活动需求，水里的鱼、藻、底栖生物是否和谐共生，是否能呈现清水绿岸、鱼翔浅底的景象。
发展和推广水生态修复技术。在制定和推行生态评价标准的同时，大力发展和推广水生态修复技术，努力促进技术流程的标准化和向环保企业的转移转化。不仅要让水体生态可评价，还要让生态修复可实现。水植物种群筛选与扩繁、人工干预－系统自调控植被管护、基于香灰土底质改良的水生植物修复等系列技术，提出了低等藻类异常增殖控制技术、沉水植物恢复与群落优化调控技术等。
